Les systèmes théoriques s’appliquant au respect des données acoustiques se sont heurtés à l’évolution du langage musical reconnaissant non plus seulement l’octave et la quinte comme intervalles justes mais aussi la tierce. Applicables au contrepoint médiéval, ces systèmes ont du être remis en question avec l’apparition de la basse continue, la prééminence des instruments à clavier, l’exploration de tonalités éloignées, la liberté de vouloir moduler dans tous les tons. On a donc du abandonner les systèmes à tempérament inégaux, pour adopter des systèmes de compromis comme celui proposé par l’Allemand Andreas Werkmeister (1645-1706) dans ses traités Musicalische Temperatur (1687) et Hypomnemata musica (1697). Werkmeister propose de combiner des quintes pures à des quintes tempérées un peu plus petites de manière à pourvoir composer les 24 tonalités majeures et mineures. C’est probablement grâce à ses travaux que Jean Sébastien Bach a écrit ses deux livres de Clavier bien tempéré (1722, 1744) composés chacun de 24 préludes et fugues dans toutes les tonalités. Il avait été précédé par Johann Mattheson : Manuel du parfait organiste (1919) qui, sans résultat, incita Bach a publié ses recueils de son vivant. Ils ne seront pas publiés avant 1800 ! Attention, Bach n’adopte pas encore le tempérament égal stricto sensu qui consiste à reprendre le cycle des quintes pythagoriciennes en enlevant 1/12 de commas à chacune. Ceci peut expliquer l’importance longtemps accordée aux couleurs tonales par les compositeurs des XVII^e et XVIII^e siècles associant telle tonalité à tel « tempérament ». Ré majeur : joyeux ; si mineur, tristesse, mort, etc.